Il revient ensuite au documentaire. D'abord au Brésil avec Gosses de Rio et A fleur de terre, puis en Afrique avec Zaïre, le cycle du serpent et les Derniers colons, un portrait de quelques expatriés blancs (aventuriers, affairistes, idéalistes) vivant au Zaïre et dont le tournage sera mouvementé puisqu'il vaudra à Thierry Michel l'honneur d'être arrêté, emprisonné puis expulsé du Zaïre. Il enchaîne avec un film terrible et émouvant, Donka, radioscopie d'un hôpital africain, qui montre le délabrement du système de santé en Afrique et le dévouement des équipes soignantes. Mais le Zaïre continue à l'obséder. Tant et si bien qu'il est en train d'achever le montage d'un film-fleuve sur Joseph-Désiré Mobutu que l'on pourra voir sur les écrans dès janvier.